Один из первых по времени основания монастырей на Руси. Основан в 1051 при Ярославе Мудром монахом Антонием, родом из Любеча. Сооснователем Печерского монастыря стал один из первых учеников Антония — Феодосий. Князь Святослав II Ярославич подарил монастырю плато над пещерами, где позже выросли прекрасные каменные храмы, украшенные живописью, кельи, крепостные башни и другие строения. С монастырём связаны имена летописца Нестора (автора «Повести временных лет»), художника Алипия.
C 1592 по 1688 был ставропигией Константинопольского Патриарха; с 1688 «ставропигионом царским и патриаршим Московским»; в 1786 получил статус лавры.
В Лавре покоятся нетленные мощи угодников Божьих в Ближних и Дальних пещерах; похоронены Великий князь Литовский Ольгерд, Пётр Аркадьевич Столыпин и другие.